国际航空公司的副驾驶员新海元（木村拓哉饰）一直梦想成为机长。在一次从火奴鲁鲁飞回日本的飞行上，机长水岛突然感到身体不适导致无法继续驾驶。这种突发的危机时刻，因为新海的冷静判断，致使飞机安全降落。因为过失，新海遭到了检察官香田一树（堤真一饰）的严厉责备和女机械师绪川步实（柴崎幸饰）的不满。新海感到十分受挫情绪低落。水岛机长因为身体原因，决定完成最后一次飞行就退休。香田不放心水岛的身体和新人新海，决定陪同他们一起飞行。在飞行过程中，香田见证了新海的专业能力和判断力，对新海有了不用以往的认识。但行事严厉的香田依
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说
