圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在

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终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，

一天，宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的太空船，一名神秘女子出現，中心繼而受到兩隻怪獸的襲擊。超人高斯及時出現，但怪獸極之頑強，高斯幾乎不敵，幸得春野武藏之助，二人融為一體後始威力大增，而正當怪獸快被

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2053年，来自宇宙的神秘生命体突然侵略地球，人类伤亡惨重，人口减损大半。面对不可琢磨的强大敌人，人类的反击屡战屡败。富士基地的日本方面军制定了打击敌人据点的最终作战计划“PLANZET”。 大型机器

1999年，传说中的地球末日。母亲的逝世，让司狼神威（关智一配音）回到了阔别6年之久的东京，与当初青梅竹马的兄妹俩桃生封真（成田剑配音）和桃生小鸟（岩男润子配音）重逢。而这段重逢开启了一段命运的大门。