当Alex,MartyGloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日（从《马达加斯加：逃往非洲》后），四只企鹅（首领Skipper,智囊Kowalski,最年轻的Private和最疯狂的Rico)

突然在哥谭出现的神秘的红帽火魔，以暴制暴地压制坏人，同时神秘的红帽火魔在哥谭市又掀起火风暴，蝙蝠侠为维持正义、拯救城市与神秘的红帽魔展开对战。